Примерно тем же, чем отличается язычество от анимизма. То есть анимизм это вполне конкретное явление с присущими ему признаками. А вот язычество это крайне размытый термин, почти наверняка, навязанный в своё время христианами. Принято считать, что язычество это народные/этнические религии, грубо говоря боги говорящих на определённом языке (но с этим можно поспорить). Также язычество это в подавляющем числе случаев многобожие (политеизм), но всё же не только (а если добавить, что авраамические проповедники любят называть язычеством всё, что им не нравится, то и подавно).