Как объяснить двойные стандарты религии?

Вопрос сформулирован сногсшибательно запутанно.

То, что вы описываете как "двойные стандарты", относится не к религиям, а к людям. То есть это двойные стандарты людей, а не религий.

По поводу "как объяснить", да очень просто. На самом деле это вопрос не религиозного характера, а психологического. И ответ будет находиться неподалёку от понятия "нормы". Норма - это то, что принимает большинство. То, что соответствует большинству. По видимому в вашем окружении норма, это, как вы выразились, "верить в распятого еврея, ходившего по воде". В каком-то ином месте это будет совсем не нормой, и там про тех, кто в подобное верит, будут говорить, что у них с головой не всё в порядке.

Вот вы сами упомянули Синто, и наверняка сами догадываетесь, что в Японии, про исповедующих синто никто не говорит, что у них что-то не то с головой.

Так что это вопрос окружения, вопрос людей, и вопрос их нормы. То есть того, чему следует большинство.

Тут стоит лишь помнить, что вкусы большинства, как и "норма" постоянно меняются. Вот уже сейчас можно встретить невероятное количество людей (даже на этом сервисе) которые считают, что в "распятого еврея" верят те, у кого что-то не в порядке с головой. Эти люди зовут себя атеистами. И с некоторой долей вероятности "нормой" вскоре может стать именно эта точка зрения.