Это на Ваш вкус и кошелек. Вопрос экологичности тут не стоит.
Пластиковые делают как правило из качественного сырья, хорошие окна ПВХ и с правильным монтажем будут служить Вам верой и правдой много лет. Особенного ухода за ним нет. Важно качественные окна и профессиональный монтаж.
Деревяные окна дороже пластиковых, как правило. На мой взгляд со временем может происходить деформация дерева, хотя сейчас отличные технологии сушки древесины и их изготовление. Здесь тоже важны те же факторы.
Если бюджет позволяет можно поставить деревянные окна.