Вероятно, помогут те области математики, в которых Ваши сложные системы описаны. Дурацкий ответ, правда? Чуть поумнее попробую сказать, что в любых моделях не обходится без дифференциального исчисления. Потому что для отыскания состояния системы нужно уравновешивать все параметры, а отыскание точки равновесия - чисто дифференциальная задача.
Или моделирование сложных систем - нечто принципиально иное? Тогда извините за мусор в ответе.