Манипуляция может быть неэффективной - в отличие от деловой комммуникации, которую в вопросе назвали эффективной. На этом отличия заканчиваются, т.к. само расположение/противопоставление двух понятий, о которых так задаётся вопрос, в одной плоскости некорректно. Манипуляция - это коммуникативный прием, а деловая коммуникация - это вид коммуникации. Соответственно, манипуляция может быть частью эффективной деловой коммуникации; деловая коммуникация может быть эффективной благодаря манипуляции; при этом отличия искать нужно не между манипуляцией и эффективной коммуникацией, а например, между манипуляцией и открытой договорённостью, или между эффективной деловой коммуникацией и эффективной супружеской/дружеской/детско-родительской и пр. видами коммуникаций.
Если переводить на аналоги, вопрос звучит приблизительно как "чем отличается сырой фарш от вкусной пасты болоньезе". Вряд ли перечень отличий чем-то поможет вопрошающему в этом случае.