Да. На самом деле всё на свете, вся материя - это форма существования энергии. Так, например, в гравитационном взаимодействии участвует не масса, а полная плотность энергии, включая массу как E = mc², но также и все остальные формы энергии: тепловую, химическую, кинетическую, излучение.
Чаще всего можно принебречь всеми остальными видами энергии. Так 1 литр воды весит примерно 1 кг. Если его подогреть, то вообще говоря, он будет весить немного больше. Но это ничтожно малая величина. А вот на астрономических масштабах для звёзд и галактик этот эффект может быть иногда заметен.
Также говорить, что кварк на 98% состоит из энергии - это неправильно. Если мне не изменяет память, то там что-то вроде "энергия поля ядерных сил вокруг кварка составляет до 98% его массы". Это просто ещё одно "популярное" объяснение. В действительности кварк - он и есть кварк. Он такой какой есть. Иногда в физике бывает, что хочется сказать больше, вроде бы исходя из каких-то наших обыденных представлений, а нельзя, потому что будет неправильно. Вот и пытаться кварк разделить на энергию и что-то ещё - тоже неправильно.