Мошки в почве - индикатор полива. Если они появляются (особенно, в больших количествах), значит, в почве гниет органика. Процесс гниения в почве - не самое благоприятное состояние с точки зрения возможности загнивания корней. Конечно, можно убить мошек специально предназначенными для этого средствами, но, куда разумнее, относиться к ним, как к помощникам. Важно выявить источник размножения мошек и отрегулировать полив