Как и на каком этапе педагогический дизайнер может помочь эксперту с созданием курса?

Может на любом.

Я бы разделил вопрос на два — на каких этапах его помощь будет наиболее полезна и на каких без неё сложно обойтись.

Методист точно будет полезен для

• периодического ревью того, что получается на разных этапах — сможет подсвечивать риски из-за тех или иных принятых решений
• постоянного занудства и задавания вопросов, на которые никто не любит отвечает — снова подсвечивание рисков и того, о чём забыли/специально не стали думать, а оно может шарахнуть
• целеполагания — об этом этапе почти всегда забывают, но он очень важен: честно сказать себе и другим, зачем делаем курс; как оценим, что достигли целей + можно ли вообще этих целей обучением достичь
• синтеза результатов анализа ЦА в вводные для проектирования — как из разговоров с потенциальными студентами понять, что нам нужно в начале курса потратить неделю на развенчание стереотипов о теме
• проектирования структуры и практики для достижения целей обучения: как не сделать курс, в котором несколько недель только изучают теорию и только в конце немного практикуются, хоть цель — подготовить к работе.
• сделать все подходящего уровне: не слишком сложную и не слишком лёгкую теорию, практику

Ну и ещё тут уточню, что всё в конечном счёте зависит от того, какой курс хочет создать этот эксперт. Есть куча курсов, созданных без педдизайнеров. Часть из них хорошая, а части и не нужен методист, потому что там нет цели научить.