Нужно ли репетитору организовать систему отработок пропущенных занятий? И как это можно организовать?

Для групповых занятий такая система необходима, если

К примеру, если вы готовите к ЕГЭ по математике группу из некрепких хорошистов, которые поступают на экономическое направление в вузе, то отработки ставить стоит. С группой, готовящейся к вузовским олимпиадам, можно обойтись и без такой системы.

В организации процесса каких-то трудностей не возникало: собираете информацию по удобному времени и на её основе назначаете время. Но обращу внимание на финансовый аспект. Если группами занимаетесь только вы, решите для себя, тарифицировать ли такие занятия, и донесите своё решение до учеников. Если же работаете в учебном центре, стоит обсудить с администрацией, положена ли дополнительная оплата за такие часы.

Кстати говоря, часы отработки удобно использовать не только для самих отработок, но и для закрытия пробелов в знаниях у отстающих или тех, кто присоединился к группе не с самого начала. 

Для индивидуальных занятий в системе отработок смысла не вижу. Предполагаю, что в таком случае репетитор всегда на связи со своим учеником и может договориться в частном порядке.