Как перестать боятся совершить ошибки во время обучения? Как быть, если ученик боится проявить инициативу, спросить или ответить?

Это элементарное проявление конформизма. Ученик понимает, что другие ученики "нашли" то, что требовалось, а вы согласиться не можете, по какой-либо причине. Если вы начнете говорить, что для вас  имеются существенные противоречия, то вам кажется, что вы, тем самым, оскорбите тех, кто не обнаружил  "ваше". 

Проблема не в том, что обсуждать, а в какой форме рассказать об обнаруженных противоречиях.  Как только все понятно, так сразу и запомнится. но если вы скажете, что не согласны из-за противоречий, а они окажутся надуманными. То вас обвинят в невнимательности на занятиях. А если выяснится, что преподаватель объяснял, напустив тумана в тему, то получится, что вы обвиняете учителя в сомнительной компетенции. 

Иначе говоря, вы должны думать, не что допустимо обсуждать, а в какой форме переспросить.  Достаточно спросить, а как другие авторы объясняли и раскрывали эту тему.

Это нейтральная форма, потому что вы перевели нить рассуждения не на сами противоречия, а что вы побуждаете преподавателя дать вариант подачи темы.