Потому что есть разница не только в научных школах, но и в организации образовательного процесса, профессорах, взглядах на кафедрах и т.д. и это сильно влияет на модель выпускника. Работодатель, если имеет представление об этом, ищет себе определенных.
Есть места, где берут только за диплом МГУ и не смотрят на все остальное, а есть где с университетским дипломом и за 1\2 не возьмут, на столько нужны люди другого склада.