Право собственности на недвижимость, переходящую в порядке наследования, переходит к вам сразу после смерти наследодателя, а не по решению нотариуса. Как видно из вопроса, у нотариуса появились сомнения, не является ли дом самовольной постройкой? Право собственности на самовольную постройку не возникает не только у вас, но и у умершего лица. Решить вопрос с законностью реконструкции, приобретением права собственности на него умершим лицом и соответственно о переходе права к вам в порядке наследования может только суд. Районный суд общей юрисдикции по месту нахождения дома. Если окажется, что дом - самовольная постройка, то это не страшно, если земля под домом принадлежит вам и если дом соответствует требованиям безопасности и более-менее местным правилам застройки.