Доброго времени суток.
Если ООО уже ликвидировано, то через привлечение к субсидиарной ответственности бывшего руководителя. Бывают случаи отмены внесения записей в ЕГРЮЛ о ликвидации ООО и восстановление его в статусе юридического лица, но это редко и непросто.
Если ООО юридически существует, т.е. не ликвидировано, то сначала неплохо было бы выяснить, было ли у него какое-то имущество за последние 3 года, есть ли какое-то имущество у его руководителей, в т.ч. бывших, с которых можно получить возмещение. Выведенное имущество ООО можно попытаться вернуть при банкротстве ООО, а также привлечь к имущественной ответственности руководителей. Происходит такое весьма нередко. Иногда сделки по выводу имущества можно оспорить и в исполнительном производстве, но это чрезвычайно сложно, т.к. судебные приставы весьма безынициативны.
Для банкротства нужно сначала просудить долг. И если есть условия для признания ООО банкротом, подавать в арбитражный суд заявление о его банкротстве, в ходе которого и произвести все описанные выше действия.