Каковы могут быть юридические последствия, если я работал неофициально? Ситуация подробно расписана в деталях.

Давайте по этапам. 

Во-первых, если стороны не оформляют единый документ  - это еще не значит, что не был заключен договор. В силу п.2 ст.434 ГК РФ договор может быть заключен и путем обмена письмами, в т.ч. электронными. 
Для признания договора заключенным суд будет устанавливать, согласовали ли стороны необходимые существенные условия. 

Во-вторых, характер описанных ваши отношений с Заказчиком позволяет их квалифицировать, как отношения по выполнению авторского заказа  (ст.1288 ГК РФ).  Для данного вида договора существенным признается предмет (ТЗ) и срок. Из описания Вашего видно, что спора ни о предмете, ни о сроках не было. Значит они были согласованы и приняты сторонами. Как следствие, можно признать договор авторского заказа заключенным. 

Хорошо ли это для Вас? 
Я не рискну делать окончательный вывод, пока не вижу переписку с Заказчиком. Потому что многое зависит от формулировки способа передачи произведения автора. 
Стороны свободны в определении способа. Но он влияет на момент признания договора исполненным.
Явно Заказчик не понял, что должен был сохранять у себя копию результатов. И суд стал бы изучать причины: способ был не конкретизирован или просто заказчик сглупил.

Тогда можно говорить, что обязательства автора исполнены в полном объеме. 

Из такой формулировки не следует, что Заказчик ограничен во времени скачивания. И перед удалением, действуя разумно и добросовестно, стоило сообщить ему о необходимости перемещения результата работ. Если факт такого перемещения(сохранения) не следовал из буквальной переписки ранее. 

Если Ваш случай попадает под второй вариант, то я на месте Заказчика сравнивала бы ваши действия с уничтожением единственного материального носителя, содержащего результат работ.  И настаивала бы на компенсации ущерба как минимум в размере стоимости оплаты этих работ (ст.15 ГК РФ).  
Уголовной ответственности я бы на вашем месте не опасалась. Положения ст. 167 УК РФ, подразумевающие ответственность за порчу имущества подразумевают наличие умысла (+мотива) на причинение вреда. Может меня коллеги из уголовной сферы поправят, но на лицо отсутствие такого умысла. Скорее была бы "неосторожность". Но по неосторожности за причинение вреда имуществу отвечают в исключительных случаях (ст.168 УК РФ) и ваш туда не относится.

Еще необходимо добавить, что у Заказчика возникнет обязанность оплаты за вас НДФЛ и взносов в ПФР, если он решит добиваться легализации отношений в суде. 

Так что, в качестве мер защиты от иска, можете сообщить ему, что после суда направите материалы в ФНС и ПФР с указанием на то, что им недобросовестно исполнена обязанность налогового агента. 

Резюмируя, отмечу: 
Юридические последствия могут возникнуть у Вас не из-за того, что работали Вы не официально, а из-за того, как вы формулировали способ передачи результата работ. 
В худшем случае (если сформулировали некорректно и неконкретно), вас может ждать необходимость возврата Заказчику стоимости разработки всех удаленных файлов. 
Но тогда и вашему Заказчику придется отдать около 30% этой суммы в фонды, как налоговому агенту.
Учитывая это, возможно всем было бы выгоднее договориться, что за половину стоимости Вы ему восстановите все материалы без всякого суда. 

Если же Вы уверены в том, что условие сформулировано конкретно и понятно, тогда правда на Вашей стороне и все угрозы Заказчика заявлены необоснованно. 

Удачи!