Если претензия предъявляется в суде в связи с фактическими убытками, понесенными пострадавшим в результате действий 3-х лиц - сумма убытка определяется на основании цены, указанной в договоре между сторонами договора и может как включать в себя НДС, так его и не включать (ст. 424 и ст. 485 ГК РФ). Однако, в случае, если пострадавший является плательщиком НДС, а это всегда ЮЛ или ИП, то он может уменьшить свой НДС с продаж на сумму уплаченного НДС по расходам , таким образом сделав взаимозачет (ст. 171 НК РФ).
В связи с этим, убытки в виде расходов, включающих НДС, могут быть возмещены потерпевшему, только если последний докажет, что налог вместе с иными составляющими является его некомпенсируемыми потерями, отсутствие права на вычет сумм НДС (постановление Президиума ВАС РФ от 23.07.2013 № 2852/13 по делу № А56‑4550/2012).
На основании этого делаем вывод, что НДС:
1) в иске ФЛ полностью принимается в сумму понесенных расходов;
2) в иске ЮЛ или ИП принимается только в случае доказательств, что у него отсутствует право на вычет по НДС.
Что касается пени в иске, то тут однозначный ответ "нет", поскольку штрафные санкции не являются объектом налогообложения по НДС (ст. 162 НК РФ).