Гражданин фактически занимался на постоянной основе предпринимательской деятельностью, налоговая проверка выявила нарушение законодательства, начислила НДС и штрафные санкции. Было бы у него ИП, мог бы при регистрации выбрать режим УСН и платил бы 6% от дохода плюс страховые взносы в ПФР и ФОМС за себя. Нет ИП, значит НДС и НДФЛ, в несколько раз дороже, чем при УСН.
Как это влияет на договор аренды - лучше всего зарегистрировать ИП с УСН и заключить новые договоры с арендаторами.
В Определении ВС РФ нет данных об арендаторах (кто они и на какой системе налогообложения), неизвестно в какой форме шли платежи и как отражались в учёте арендаторов, насколько прозрачен их бизнес. Неизвестен повод для выездной налоговой проверки. Поэтому сложно сказать как эта ситуация отразилась на арендаторах и заинтересованы ли они в продолжении торговли и аренде помещений.
Вообще, у нас в Красноярске уже несколько лет властями ведётся работа по вытеснению торговых павильонов - обычно договоры муниципалитет расторгает за нарушения (чаще причина в незаконной продаже спиртного), павильоны сносят.