Как назвать женщину пилота?

Женщину-пилота можно назвать женщиной-пилотом. Либо просто пилотом. Фраза «она — пилот» уже предполагает, что женщина может управлять гражданским воздушным судном.

Пилот Мария Уваровская

В мире существует огромное количество языков, которые вообще не имеют грамматического рода и абсолютно никак не указывают на пол человека. И ничего, живут люди и разговаривают, не забивая себе голову подобной чепухой. А есть языки, где, например, пол различается не только в единственном, но ещё и во множественном числе. Кстати, русский какое-то время назад был таким языком — вплоть до реформы 1918 года по крайней мере на письме оставалась разница между местоимениями они и онѣ — последнее относилось к женщинам и предметам и понятиям женского грамматического рода. Как пример, возьмём Сказку о Царе Салтане А. С. Пушкина:

В кухне злится повариха,
Плачет у станка ткачиха,
И завидуют оне
Государевой жене.

Как несложно догадаться, сейчас данного разделения уже нет; у нас осталось только одно местоимение для всего — они. Это, кстати, говорит и об определённой тенденции — со временем в будущем грамматическая категория рода в русском языке может быть утрачена совсем, — в качестве общего рода будут выступать слова в бывшем мужском. Для чего мы вообще подчёркиваем род слов? Обычно это происходит в том случае, когда нам действительно необходимо получить разный результат в зависимости от пола. Например, актёр и актриса, певец и певица. Ещё мы различаем род у профессий, считающихся традиционно мужскими или женскими — так, например, у слов швея, няня, балерина и машинистка нет маскулятивов. И ничего страшного в этом нет. Язык не работает как конструктор, в котором к чему угодно можно присоединять что угодно. Такое возможно только в конлангах — искусственных языках типа эсперанто. Вот в эсперанто можно образовать от любого слова феминитив. Есть суффикс -in для указания на женский пол и есть слово piloto. Соответственно женщину-пилота можно назвать pilotino. В русском же языке указание на пол может выглядеть по-разному. Это могут быть суффиксы -к, -ш, -есс, -исс, -ин, -иц и некоторые другие, это могут быть грамматические конструкции типа врач приходила и выписала рецепт, это может быть прямое указание типа женщина-пилот. Что всё это значит? Это значит, что язык служит в первую очередь для передачи информации, и хорошо, когда у него есть много инструментов. А вот идея загнать это всё в строгие рамки конструктива не принесёт, а вызовет только отторжение.
P. S. До революции также существовало слово авиатрисса, которое уже ушло из употребления. Это говорит о том, что язык живой, и он меняется, а также о том, что никто не гарантирует вам, что неологизмы в нём закрепятся навсегда.