На подкорке у меня в кофейной теме прочно отпечатан мужской род. Так что сам я вряд ли стану употреблять слово «кофе» в среднем роде. Ну, и для литературного употребления его мужской род пока что остаётся нормой. Я, например, работаю дизайнером в типографии, и мне пока не попадались надписи на этикетках — «Бразильское кофе» или «Молотое кофе».
А в разговорной речи — да, допустимо и «оно». Но сколько времени понадобится, пока «оно» появится на кофейной упаковке — сложно сказать. Поживем — увидим.