Это совершенно нормальная ситуация для слов-омографов. Они совпадают в написании, но отличаются произношением (в русском языке это ударение). То есть, это два совершенно разных слова с различной семантикой (как вы верно заметили), но так совпало, что пишутся они одинаково.
В русском языке есть множество таких примеров: зАмок — замОк, Атлас — атлАс, вИски — вискИ, и так далее.