Если так, то вероятно имеется ввиду современная форма лингвистики, ведь как инструмент(некая сущность), лингвистика использовалась достаточно давно. Вообще, в современно мире принято всё научное негласно приписывать университетам и всякого рода научным центрам, а так как инструменты лингвистики использовались в основном в религиозных целях и современная форма лингвистики появилась действительно не очень давно, то данный неучёт(или переучёт) прежней истории закономерен. Можно даже сказать, что древняя лингвистика это не совсем лингвистика в современном понимании, но понятное дело всё зависит от определения.
Вижу это как чисто формальное разделение или как форму "секуляризации" научных учереждений от религиозного наследства старых инструментов старой лингвистики. (Как я это вижу)