Попробуйте сходить по адресу ул. Старый Арбат 16. Чего там только нет. И контактный зоопарк, и дом вверх дном, и музей иллюзий, и зеркальный лабиринт... И детям там очень интересно. Не уверена что всё что там находится можно причислить к музеям, но там действительно очень интересно.
Могу посоветовать посетить планетарий.
Дарвиновский музей наверняка не оставит вашего ребёнка равнодушным.
На Соколе есть музей Экспериментариум. Иначе называется "Музей занимательных наук".