У меня вариантов несколько.
Аудиторская проверка. Не быстро и просто, но работает.
Сопровождение на аутсорсинге. С ними можно договориться о тонкостях проверки, регулярности, стоимости.
А еще лучше, взять в долю главбуха, на принципиальный % (не имеет значения размер). Тем самым повесить ответственность и повысить заинтересованность.
Только мотивация, ответственность и неотвратимость наказания позволит снять этот вопрос с повестки.
Вызывать на ковер и требовать объяснений и ответов - не сработает, слишком много тонкостей. И не факт, что это поможет.