Если вы думаете, что вам тут кто-то на самом деле может сказать "да, мы тут в Радуге программировали авионику на X-102 на чистом Си", то вы очень плохо думаете о режимах секретности на военных объектах.
В любом случае, дело не в языке программирования. На самой ракете, в том корпусе, который собственно летит в цель, подвергаясь управлению издалека, находится несколько отдельных электронных устройств, которые могут быть вообще радикально отличающимися по тому способу, которым они программируются.
Даже просто занимаясь домыслами, элементарно, отдельные мозги у головки самонаведения, отдельный чип для радиоуправления, и, допустим, крошечный мозг автопилота, который вообще аналоговый, закатан на заводе и не для перепрограммирования. Как в таком случае ответить на ваш вопрос? С точки зрения программирования компьютеров, нет единой "управляемой ракеты", это не ваш персональный компьютер с процессором общего назначения, снабжённым встроенными блоками для арифметики и для компьютерной графики.
Так как мы рассуждаем тут, фактически, о программировании в области микроэлектроники, то языки тут могут быть произвольные. У людей на embedded там вообще дикое поле, они и на ассемблерах и непосредственно в машинных кодах вполне могут программировать свои камни.
Сама аппаратура, чип программируемый, любой, что AMD'шные камни из магазина, что специализированный микропроцессор блока РЭБ в ракете, в любом случае программируется числовыми кодами команд, которые на него передаются в виде электрических сигналов. Из какого языка высокого уровня эти числа будут скомпилированы - вопрос удобства для программиста, но не принципиальный.