Работаю неофициально. Работодатель предложил оформляться как самозанятой? Стоит ли?

Если вы станете самозанятым, с вами скорее всего заключат гражданско-правовой договор, соответственно такие льготы как оплата больничного, отпуска вы их лишаетесь.
Кроме того, необходимо отметить следующее: согласно ст 67 ТК РФ Трудовой договор, не оформленный в письменной форме, считается заключенным, если работник приступил к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя. При фактическом допущении работника к работе работодатель обязан оформить с ним трудовой договор в письменной форме не позднее трех рабочих дней со дня фактического допущения работника к работе. Таким образом, вы сейчас работаете по трудовому договору и вправе выбирать, что вам больше подходит, работа по трудовому или гражданско-правовому договору.