На самом деле, конечно же, использование бумажных документов ДОРОЖЕ применения электронных аналогов. Если документооборот с контрагентами в компании небольшой (несколько десятков заказов в день), то для работы обычно требуется лишь доступ в интернет для подключения к веб-платформе ЭДО и электронная подпись (стоит 1000 р и делается за 1 день). Ни каких затрат на обслуживание ПО, как пишут другие комментаторы тут нет. Бухгалтер также будет работать в своей 1С на том же компьютере. Более того, компания будет экономить на почте, курьерьских услугах, чернилах, бумаге.
Если же документооборот с поставщиками и покупателями значителен и достигает сотен и тысяч бумаг, то обычно учётную систему интегрируют с платформой ЭДО. Это, например, позволяет подписывать сотни документов за пару кликов, вручную не вбивать данные, защищаться от рисков человеческих ошибок.
Основная причина, почему многие продолжают работать на бумаге - исключительно инерция и страхи перед неизведанным. Вот хорошая статья на тему "Почему сотрудники сопротивляются внедрению электронного документооборота" https://ediweb.com/ru-ru/company/blog/pochemu-sotrudniki-soprotivlyayutsya-vnedreniyu-elektronnogo-dokumentooborota