Как быть, если большая часть моих обязанностей не прописана в должностной инструкции?

В российских компаниях, как правило, должностная инструкция (ДУ) - это формальность для "проставления галочки". В IT сфере можно встретить в ДУ для программистов фразу "знать устройство ЭВМ" и аналогичные из позапрошлого IT века.

Если в Вашей компании это именно так, то можно просто ее игнорировать. Если нет, то обратитесь к тем, кто ее составляет и за нее отвечает (отдел по работе с персоналом, управление качеством и др.). Лучше это делать вместе со своим непосредственным начальником.