По моему опыту (с учетом трудоемкости процессов HR), в первую очередь необходимо автоматизировать процессы начисления Заработной платы (с учетом окладов, премий, больничных, отпусков, командировок и прочих факторов). Эффект от автоматизации будет максимальным в сравнении с другими процессами.
При этом - автоматизировать начисление Заработной платы без автоматизации Кадрового учета, скорей всего не получится