Если речь идёт о кефире и йогурте собственного приготовления, то ничем. Они одинаково хороши. Если вы о пищевой промышленности, то кефир однозначно лучше, так как встретить йогурт без сахара, крахмала, красителей, разнообразных добавок и с маленьким сроком годности до 7 дней практически невозможно.