Имеет ли значение, какую сторону использовать у фольги (внутреннюю или внешнюю)? И такой же вопрос по бумаге для выпечки?

В духовке, где используется только тепловая энергия, не лучистая, не имеет значения. Гладка сторона лучше отражает свет, но в темной духовке это не важно. Если же используется также гриль, я бы заворачивал блестящей внутрь, матовой наружу, к излучению.