Выбор типа ИИС при открытии делать не нужно.
Можете поработать некоторое время, посмотреть, какие доходы будут выходить, и решить, какой тип вычета будет выгоднее именно для Вас.
Если подаете декларацию для получения вычета по типу А, далее уже нельзя будет изменить решение и получать вычет по типу Б.
Брокер не будет удерживать НДФЛ в конце каждого года (как это происходит на обычном брокерском счете). Только в момент вывода денежных средст (что означает закрытие счета). В этом состоит специфика ИИС.
О вычете по типу Б заявляют при закрытии счета. Можно получать через налоговую, можно - через брокера. При втором варианте, нужно запросить справку в налоговой о неполучении ранее вычета по типу А. Тогда брокер не удержит НДФЛ по всем операциям, совершенным за время существования ИИС (кроме дивидендных выплат).