Вычет уменьшает доходы, облагаемые налогом на доходы физических лиц (НДФЛ). В результате доход становится меньше. Уменьшается и сумма налога, которую нужно платить в бюджет.
Самозанятые налог на доход не платят. Поэтому уменьшать им нечего. То есть формально право на вычет у них есть. Но воспользоваться им они не могут. Ровно до тех пор пока у них не появятся доходы, которые облагают НДФЛ. Лишь после их появления они могут реализовать свое право на вычет. То есть уменьшить эти доходы на выет по ипотечным процентам.
Для этого в налоговую инспекцию нужно предоставить определенный пакет документов. Подробнее о том, как оформить вычет по ипотечным процентам смотрите по ссылке.