Минимальная доля - это доля соответствующая стоимости части материнского капитала, приходящегося на одного члена семьи. Т.е. если мат. капитал к примеру 600 т.р. на 4-х членов семьи, значит на каждого приходится 150 т.р. (600 / 4). Вот от этой суммы и надо высчитывать долю. К примеру стоимость дома 1,5 млн. руб., тогда размер доли на одного ребенка будет - 1/10 ( 150 000 руб. / 1 500 000 руб.).
Что касается отсутствие отца (и я так понимаю супруга на момент выделение мат. капитала), то это да усложняет все дело. Формально без него не оформить соглашение. Можно пытаться признать его безвестно отсутствующим и потом уже делить без него.