Если продать долю в квартире отдельным договором, то надо платить налог?

Да, платить НДФЛ 13% от стоимости доли в квартире надо (п.п.2 пункта 1 ст.228 НК РФ)

Однако, если владение долей составляло 5 и более лет, или если на момент сделки купли-продажи у продавца отсутствует какое-либо другое жилье, то владение долей сокращается до 3-х лет и налог платить не надо.

Если же указанные критерии по владению доли в квартире не соблюдаются, то можно применить имущественный налоговый вычет установленный в соответствии со статьей 217.1 Налогового Кодекса, в размере пропорции доли (1/2, 1/3 и т.д. от 1 млн. руб.) либо применить вычет в размере фактически понесенных расходов на приобретение доли в квартире.