Налоговый вычет при покупке недвижимости не влияет на размер и обязанность уплаты НДФЛ при продаже.
При владении недвижимостью менее 3-х лет сдавать декларацию и платить НДФЛ вы обязаны. Однако, вы можете по своему выбору уменьшить свои доходы от продажи недвижимого имущества (при условии что оно не использовалось в предпринимательской деятельности) на сумму имущественного налогового вычета или на сумму расходов, связанных с приобретением данного имущества. Это право возникает у вас, если вы являетесь налоговым резидентом РФ (п. 6 ст. 210, пп. 1 п. 1, пп. 2, 4 п. 2 ст. 220, п. 1.1 ст. 224 НК РФ).
Указанный имущественный вычет предоставляется в размере 1 000 000 руб., при продаже жилых домов, квартир, комнат, садовых домов (дач), земельных участков (долей в перечисленной недвижимости) или в размере 250 000 руб., - при продаже иных объектов недвижимости (например, гаража) (пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ).
В зависимости от размера доли имущественный вычет составит при 1/2 доли владения -500 000 руб. (1 000 000/2), при 1/3 доли владения - 333 333 (1 000 000/3) и т.д.
Таким образом, если стоимость доли меньше 1 млн., вы уменьшаете , допустим , 900 000 руб. на 500 000 руб. (1/2 доли) и с оставшейся суммы в размере 400 000 руб. ( 900 000-500 000) уплачиваете НДФЛ 13%
Вместо имущественного вычета можно уменьшить доход от продажи недвижимости на фактически произведенные и документально подтвержденные расходы по приобретению объекта недвижимости (в том числе проценты по кредиту) (пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ).
Документально подтвержденными расходами являются платежные поручения или переводы физ. лицу в оплату стоимости квартиры или доли в ней.
Указанный налоговый вычет вы можете получить при подаче налоговой декларации 3-НДФЛ в налоговый орган по окончании года, в котором вы получили доход от продажи имущества (ст. 216, п. 7 ст. 220, п. 1 ст. 229 НК РФ).