Прежде всего потому, что они совершенно неправильно интерпретируют сигналы друг друга. К примеру, задранный кверху хвост у кошек обозначает довольство и удовлетворение, а у собак - это знак агрессии и готовности броститься в атаку. А повиливание хвостом - ровно наоборот.
В тоже время когда кошки и собаки живут в обной семье, то они приспосабливаются понимать друг друга и никакой нелюбви больше нет. Наоборот, спят в обнимку и защищают друг друга от опасностей.