Все зависит от того, на какой базе эти отношения изначально строились.
Если отношения строились на честности, открытости и справедливости, то качественная оцифровка бизнес-процессов делу только поможет.
Если на лжи, лицемерии, дозировании информации, интригах и "подставах" - оцифровка такие отношения разрушит или очень сильно осложнит дальнейшую жизнь любителях всего этого.
Ну и второй момент - качество самой оцифровки. Она должна быть проведена качественно и с учетом особенностей конкретного бизнеса, чтобы не получилось как в многочисленных историях об "эффективных менеджерах".