Для начала выявить причины отказа. Понять насколько они имеют место быть. Если посчитаете, что претензии обоснованы, то попробовать найти компромисс. В этом случае помимо исправления недочетов, можно предложить клиенту какой-то бонус.
При этом не забывайте, что в долгосрочной перспективе репутация важнее сиюминутных материальных выгод.
Если же претензии надуманные, то в этом случае в вашем договоре должен быть порядок рассмотрения спорных вопросов. Если его нет, то действуйте согласно ГК. Опять же, если овчинка будет стоить выделки (время, стоимость юристов и тд).