Однозначно основную систему, при этом минимум ООО.
Гос. организации повально просят НДС, да и закупать вы также будете с НДС.
Вопрос с УСНО также можете рассмотреть (доходы-расходы), и по экономике он будет однозначно выгоднее, но главное, чтобы тогда с заказчиком была возможность проведения поставок без НДС.
Вообще ряд фирм имеют насколько юр.лиц под разные варианты поставки.