Где проходит граница между организмом человека и внешней средой (органы, ткани)? Подсказка: это не только кожа.

В биологии тело человека рассматривается (в контексте вопроса) - как трубка. Внутренней средой, в таком случае, будет являться всё то, что находится в толще стенок этой "трубки". Всё, что вне их - внешняя среда. Иными словами, всё, что так или иначе соприкасается с атмосферным воздухом напрямую, безбарьерно (пусть даже и через извилистые ходы кишечника, протоков экзокринных желез и т.п.) - то внешняя среда. То, что отделено от ОС некой оболочкой (эпителий) - то есть внутренняя среда.