На сколько ДНК человека совпадает с ДНК бабочки?

Совпадение ДНК легко определяется для близких видов.

ДНК состоит из хромосом, а хромосомы состоят из генов.

У близких видов можно легко распознать "одни и те же гены", даже если они находятся на разных хромосомах. Часто можно распознать "одни и те же" хромосомы и увидеть, какие из них разделились или соединились.

После того, как "одни и те же" гены распознаны, можно увидеть, где в них имеются вставки или изъятия и подсчитать их процент. 

Человек и бабочка принадлежат к разным биологическим КЛАССАМ, млекопитающие и насекомые соответственно. При этом они находятся в одном ЦАРСТВЕ — животные. 

Общий предок млекопитающих и насекомых жил около 500 миллионов лет назад (Кембрийский период) и за это время геномы этих существ претерпели значительные изменения. Их сравнение между собой — это целая наука и однозначного "процента" различий назвать вряд ли можно.

Выполнять сравнение геномов можно при помощи программы Ensembl. Лекция по данной функции находится тут 

Более подробный ответ я дать не могу в силу недостатка квалификации.