Бактерии, которые питаются органическими веществами, делятся на три группы — сапротрофы, паразиты и симбионты. Первые питаются отмершими останками организмов, а вторые и третьи живут за счет живых организмов.
Автотрофные бактерии сами создают из неорганических веществ органические.
Полезную микробиоту кишечника у человека составляют такие бактерии (вероятность их найти 100%): Bacteroides fragilis, Bacteroides melaninogenicus, Bacteroides oralis, Enterococcus faecalis, Escherichia coli