Прежде всего, отсутствие интуиции о трансцендентном, запредельном: у верующих довольно часто встречается некое смутное чувство присутствия. Подобные чувства и инсайты описаны в книге Джемса "Многообразие религиозного опыта". Если вы не переживали ничего подобного, то к слову Бог, Единое или Абсолютный Разум будете относиться как к логическим абстракциям и универсальным понятиям, отражающим какие-либо качества общественного сознания, сформировавшиеся на определенном этапе развития общества.
Опять же если в детстве случались приступы дежавю, вы скорее будете верующим. Если нет - то на нет, как говорится... Плюс - острое чувство справедливости. Как известно, проблемы теодицеи редко когда решаются в пользу Бога, и очевидные "победы" зла в жизни - жестокость, смерть и страдание невинных, особенно маленьких детей, вообще беспричинные страдания людей, войны, теракты - все эти события обычно вызывают чувство неприятия религии и доводов от веры. Потому что доводы от веры (теология) это всегда логика. А острое чувство справедливости болит и режет душу гораздо громче любого аргумента по Фоме Аквинскому.
Те люди, у которых нет глубоких переживаний о несправедливости, или они умеют быстро рационализировать подобные случаи и положительно решать теодицею несмотря ни на что, - они выдерживают испытания веры.
Воспитание. Часто даже не атеистическое, но скорее опирающееся на своеобразную эмоциональную интерпретацию религии. Например, если мама часто и с иронией говорила вам слово "боженька" во время наказания или любой другой тяжелой ситуации: ну поплачь, поной. Может, боженька придет слёзки утрёт, - вы, скорее всего станете "токсичным" атеистом. Если родители при вас плохо отзывались о священниках, детализируя их неблаговидные поступки. Подобные негативные образы прочно застревают в голове и в дальнейшем оказывают отрицательное влияние на восприятие религии вообще. Или вы сами в возрасте некритичного и наивного восприятия мира увидели что-то плохое, исходящее от верующих людей. Особенно возмущет терроризм под прикрытием религии. Взрослый человек понимает, что ни один террорист верующим не является, ибо в сознании своем исказил каноны до абсолютно противоположных смыслов. Тем не менее, если в детстве по телевизору или в ютубе вы увидели как "верующий" кого-то режет или взывает, плюс кто-то из родителей определенным образом это прокомментировал, то вы по меньшей мере, будете относиться к религии прохладно.
Плюс, обычно будущие атеисты довольно равнодушны к экзистенциальной тематике. В пять-семь лет они особо не тревожатся вопросом: а что будет когда меня не будет? / а я насовсем умру? Скорее они спросят у мамы чуть иначе - а что было когда меня не было? И смерть обычно переадресовывается с себя на того, кто реально ушел из жизни: а дедушка навсегда умер? И больше никогда не будет у себя в кресле читать газету? И если малыш получает реалистичный ответ типа: дедушка в земельке, он навсегда уснул, так случается с людьми, и с животными, и с растениями и даже планетами, - то ребенок обычно удовлетворяется и не ищет дедушку на ближайшем облаке.
Ну и конечно убеждения родителей. Если они стойкие атеисты, убедительно и четко объясняющие все встречаемые ребенком аномалии, если они иронизируют над религией и священниками, если громко возмущаются освещением детского сада "попом и кадилом", - то должно случиться что-то на самом деле из ряда вон выходящее, чтобы вы поверили в Бога будучи взрослым.