Как в религиозном мышлении между собой сочетается свобода воли и бесознательное?

А в чем противоречие? Вы понимаете религию как богослужение, только как веру в Бога, тогда как религия есть система взглядов на непроявленную реальность. То есть на то, что реально имеет бытие, существование и жизнь, но для нашего сознания, воспринимающего всего лишь узкий спектор из всех возможных, не проявляется. Религия, это трансцендентное знание, данное отдельным личностям вербально, в ощущениях и представлениях.

Чем является бессознательное? - Некими вербальными, психическими и поведенческими стереотипами, усвоенные опытом прошлого и вытесненные на периферию сознания. 

Верующим нет нужды доказывать бытие Бога - Космического Разума, поскольку Он в доказательствах не нуждается. Атеистам нет смысла доказывать отсутствие того, что в их восприятии не существует. А вот вмешиваться в мировоззрение и миропонимание как одних, так и других, по меньшей мере не этично. В этом суть свободной воли ит свободы выбора - быть тем, кем ты есть.