Да очень просто не сомневаются.
Как только для верующих является какое-то чудо, так сразу выясняется, что у чуда есть вполне себе материальное обоснование.
Раньше чудом был восход и заход солнца.
Потом выяснилось, что это просто земля вращается и вот уже нет чуда.
Дальше были чудом гром и молния.
Выяснилось, что это разряды статического атмосферного электричества.
Вроде сочинили сказку, про то что человек сделан по образу божию, но проклятые анатомы вдруг нашли такое количества несовершенства в организме человека, что возникает вопрос: а бог точно всемогущий? Инженер из него так себе.
Я уже не говорю про дешевые трюки типа благодатного огня, плачущих икон и прочем.
Так что школьный курс естественных наук + немного логики, вот и готовый атеизм.