Немного поправлю - не оператора ЭДО, а удостоверяющий центр. ЭДО есть не у всех УЦ и это смежная услуга. ЭЦП нужно ведь не только для обмена документами.
Насчет выбора - факторов много - цена, близость точки идентификации (вам нужно будет лично прийти), пользование их другими сервисами, необходимость качественной техподдержки
Я в разное время выпускал ЭЦП в Контуре, Калуге Астрал, СБИСе. Большой разницы не видел. Сейчас перешел на Инфотекс - просто потому что дешевле и я уже перевыпускаю подпись там на сайте, не бегая лишний раз на идентификацию. Плюс пользуюсь их ЭДО.
А так - ЭЦП она и есть ЭЦП, где бы не была выдана.