Современная киргизская народность ведёт своё происхождение из Южной Сибири, с берегов Енисея. Процесс переселения енисейских киргизов из Минусинской котловины к отрогам Тянь-Шаня начался ещё в IX в. и был связан с экспансией Кыргызского каганата в оазисы Восточного Туркестана. Эти переселенцы впоследствии стали ядром формирования киргизской народности, включившей в себя, помимо енисейских киргизов, отдельные части множества среднеазиатских народов: кыпчаков, туркменов, кара-китаев, карлуков, согдийцев и т.д. и т.п.
Накануне монгольского завоевания в Южной Сибири существовало всего 2 небольших княжества киргизов: Кыргыз - в Минусинской котловине и Кем-Кемджиут - на Верхнем Енисее. Покорившись монголам, население этих княжеств участвовало в завоевании монголами Средней Азии и стало ещё одной крупной волной переселения енисейских киргизов на Тянь-Шань. Когда в начале XVII века на Енисее появились русские, енисейские киргизы уже были на своей родине сравнительно малочисленной группой и впоследствии вошли в состав хакасского народа.
Переселенцы на Тянь-Шань после распада Монгольской империи вошли в состав государства Моголистан. К рубежу XVI-XVII вв., в результате объединения с другими могольскими племенами, образовалась народность киргизов. В немалой степени этому процессу способствовала исламизация киргизов.