Вот сколько совершенно разных ответов. Потому что много чего происходит и рассматривать процессы можно на разных уровнях.
Пожалуй главное это процессы возбуждения и торможения нейронов в разных участках мозга. Приходящие извне сигналы вызывают в мозге цепочку возбуждений тех областей, которые уже реагировали на подобные сигналы. В которых сформировались соответствующие образы, понятия, зависимости, знания. Собственно это и есть мысли.