Почему церковь не притесняют и её последователей не гонят ?

Смотря что называть "притеснениями" на кого/что расматривать  их направленость.
Одно дело государственная политика. Когда то власть еще как "притесняла" всех "иноверцев" прежде всего "в лице" релиозных сообществ (организаций верующих). К примеру недавно в СССР все религиозные сообщества и их члены "притеснялись в правах" по факту.
Но ныне почти везде власть "окультурилась" и научилась
"притеснять" неугодных ей исподтишка (незаментно, притесняя не за "веру" как бы, а по иным причинам: уголовным, политическим, национальным, гражданским, психическим…).

Что же касается верных Христу и следущих за ним всей жизнью христиан (единение верных во Христе = Тело Христово, т.е. ту самую Церковь), а не формальные религиозные организации (юрлица), то гонения никогда не прекращались и не прекратятся.
Ведь "этот мир" (мир людей и их отношений) лежит во грехе, а грех терпеть не может правды (Божией или человеческой здесь не суть). Говорящих и делающих дела по вере Христовой редко где "жалуют" (ведь их правда "глаза колет", а это вряд ли кому "приятно"). Т.е. отец лжи (диавол) правящий "этим миром" направляет послушных ему людей гнать и притеснять верно исповедающих Бога-Истину и Бога-Любовь.

Александр (Краснено) насколько я вижу написал похожий ответ. Воистину тот кто натурально живет верой Христовой всегда будет гоним, а тот кто "верит" лишь номинально (в представлениях, в угоду публике) напротив будет скорее в "фаворе" в мире сём.
Ведь верный Христу не старается угодить людям и нередко просто самим своим существованием (даже молча как рыба) уже "выбивается из стада" (а люди не любят "выскочек", особенно в "хорошую сторону"). И хотя многие идут к таким за помощью и советом, но вот "в защиту" слово сказать как бы "стесняются" (не желая "нарваться" на гнев толпы).
Однако пример, увы, он привел немного лукаво (пристрастно). Ибо если бы это был "тот самый пример", то столько подписей не удалось бы собрать (вспомните распятие Христа и много ли голосов в толпе было в Его "защиту"?). Я примерно догадываюсь какой конкретно "невинногонимый" иеромонах имелся ввиду.  Таких "невинно гонимых" пруд пруди (к примеру, но если разобраться, даже просто посмотрев одно выстуление нетрудно увидеть что все не так однозначно с "невинностью"). Увы "популярность" у людей праведностью не обретешь в "этом мире" (для этого нужно по любому стараться "угождать публике").
А разногласия со священноначалием были, есть и будут всегда (потому что всегда есть соблазн "легкого решения вопроса" административными мерами, т.е. указом, вместо терпеливой и постоянной, порой не дающей зримых результатов, работы с "пригрешившими"). Точно так же в любых структурах (даже атеистических) где есть "административный рычаг". Расценивать такие случаи как "гонения на неугодных за веру" вряд ли разумно (а не верно уж точно). Т.е. "грешат" как правило обе стороны "конфликта" (т.е. "невинногонимые" в них редкость). Вот недавний пример (при просмотре сложно не увидеть реальную причину "изгнания", хотя в решении церковного суда и указаны иные совсем).

P.S. Прошу прощения бес попутал. (((
Моя "догадка" была совершенно неверной, увы. Это выяснено доподлинно точно мной с Александром.