Все зависит от качества обуви, от материалов используемых для внутренней обивки. О каком способе "дышать лучше" имеется ввиду, когда есть дополнительный слой из носков, непонятно.
Добавлю при появление неприятного запаха: если вы носите обувь на голую ногу, то ваш пот впитывается в обувь, которую чистить значительно сложнее, чем стирать носки.
Смотря какую. Есть обувь, которая не предполагает ношение носка как например сандали, яхтенные туфли, эспадрильи.
Чтобы не пахнуть, ноги можно мыть, использовать пудру или дезодорант