Да кто во что горазд, как говорится. Лично я, например, верю, что земля круглая, а E=mc2, в эволюцию, верю в человека, в его развитие как техническое так и духовное, верю в... Словом, атеисты во многое могут верить, но только вот в Бога, создателя Вселенной с миллиардами звёзд, создателя чёрных дыр, законов физики, химии и т.п. и при этом морального уровня Яхве, увы никак не получается поверить)
Атеисты (хотя и не только они) верят, что могут обрести счастье и полноту жизни в материальном мире с помощью собственных усилий. В противовес этому, трансценденталисты верят, что истинное счастье невозможно без Бога, в материальном мире его нет, а силенок самостоятельно его создать ни у кого не хватит. Вот главная разница. Чья вера вернее? Оглянитесь вокруг и рассудите сами.
Следует уловить смысл слова "вера" в разных контекстах.
"Я верю, что прогноз на завтра подтвердится"
и
"Я верю, что Бог существует".
В первом варианте, слово несёт смысл вероятностного события. Основывается на доверии и на прошлом объективном личном опыте. Есть допущение, что прогноз не подтвердится. Событие проверяемо. Всё, что связано с этим событием без сомнения существует.
В подтексте второго варианта звучит утверждение. Основывается на неверных выводах из-за неполноты знаний, субъективных восприятий и невозможности проверить. В данном варианте есть неизвестный элемент - Бог. Его никто никогда не видел и не взаимодействовал напрямую.
Атеисты используют слово вера для условности, простоты общения, и допускают вероятность несбыточности события.
Не знаю как другие атеисты, но лично я, стараюсь избегать слово вера, т.к. в нём можно узреть фанатизм. Использую более нейтральные слова: доверие, возможность, вероятность, предположение и т.п.